אחת מסוגיות המס המורכבות והידועות בהקשר למפעל מאושר ומעורב, מקורה באי הסכמתו של מרכז השקעות להתיר שחלוף של נכסים אשר שימשו את המפעל בייצור אחד ממחזורי הבסיס של חלקי המפעל השונים, בנכס חדש. פועל יוצא מאי החלת השחלוף הנה כי, המחזור המיוצר בידי הנכס החדש – המשחלף, הינו למעשה מחזור הבסיס שיוצר בעבר על ידי הנכס הישן שאינו מתפקד עוד, אך מאידך הנכס החדש נכלל לדעת רשויות המס (קביעה שלעצמה אינה נקייה מספקות) ב"יחס הנכסים", דבר אשר מקטין אף הוא את הטבות המס לו זכאי המפעל, כך שבפועל "נקנס" בעל המפעל פעמיים בגין אותו נכס.
במסגרת דיון שומות אשר נערך לאחרונה באחד מפקידי השומה, הוסכם על דעת פקיד השומה כי עוות זה אינו ראוי, וכי במקרה בו הנכס החדש ממלא פונקציות זהות לאלו של הנכס שחדל לתפקד, יש לכללו ביחס הנכסים רק לגבי גידול המחזור שנבע מהנכס החדש ולא במלוא שוויו של נכס זה.
נדגיש כי יישום יחס נכסים לגבי נכס "משחלף" שלא נתקבל לגביו אישור שחלוף, ובמיוחד במפעל מאושר שלגביו צוין בכתב האישור מבחן "יחס מחזורים", הרי שבהתבסס על פסקי דין של בהמ"ש העליון שדנו בסוגיות אחרות לאחרונה, קביעה זו אינה נקיה מספקות, ולגישתנו אין לאמצה.
