לאחרונה גילתה נציבות מס הכנסה את עמדתה החדשה, כי בניגוד לעמדתה המוצהרת בעבר (המופיעה בקובץ הפרשנות לפקודת מס הכנסה – החבק), הכנסה משבח מקרקעין לא תיחשב כהכנסה לעניין פקודת מס הכנסה.

בכך קיבלה נציבות מס הכנסה את פסיקת בית המשפט המחוזי בעמ"ה 6/97 בעניין ניר יוסף, שם נקבע כי אין להחיל את הוראות החישוב המאוחד על שבח מקרקעין, שכן איננו הכנסה לעניין זה אלא לעניין שיעורי המס וזיכויים בלבד – כאמור בסעיף 48ב' לחוק מיסוי מקרקעין.

נציין כי עמדה זו מנוגדת להוראות החבק – בו נאמר הן בהגדרת "הכנסה" בפרשנות לסעיף 1 לפקודה כי זו כוללת גם שבח מקרקעין, והן בסעיף 64א' לפקודה בעניין חברה משפחתית בו נאמר במפורש כי גם הכנסה משבח מקרקעין תיוחס לנישום המייצג ותצטרף להכנסתו החייבת.

נציין כי בדרך זו תוקפים כיום פקידי השומה "תכנוני מס" בהם חברה המתעתדת למכור נכס מקרקעין "ותיק" שבמכירתו יחולו שיעורי מס מופחתים, מבקשת להיחשב משפחתית (או חברת נכס בית) בשנת המכירה, כך ששיעורי המס המופחתים "יגיעו" עד ליחיד.

לגישת נציבות מס הכנסה כיום, כפי שנתקלנו בה במספר פקידי שומה, שבח המקרקעין יחויב וישום בתיק החברה בלבד, בעוד שחלוקת הרווח נטו לנישום המייצג, מהווה דיבידנד (החייב במס בשיעור 25%) לכל דבר.

סוגיה מעניינת אשר עולה מקבלת עמדת הנציבות האמורה הינה מהו שיעור המס אשר יחול במכירת נכס מקרקעין בידי שותפות של יחידים (לצורך העניין נניח שאיננה שותפות רשומה), המוגדרת כזכור כחבר בני אדם (ראה פסק הדין בעניין יורשי המנוח גורקביץ'), ולפיכך, בהעדר תחולה בעניין שבח מקרקעין לסעיף 63 לפקודה, יחולו שיעורי המס החלים על חבר בני אדם – קרי בהתאם לסעיף 126 או 91(ג) לפקודה (לאחר הרפורמה) 35% או 25% בהתאמה.

"חלוקת" רווחי השותפות, שמקורם בשבח המקרקעין, לשותפים בה, לא תהיה חייבת לכאורה בכל מס נוסף!